在晋的交谈中处于下锋--臣时执偏见；同时他也坦承自己对辽东军的了解，根本没有王在晋那么深刻，辽兵在阵前善于逃走、即使执法官在阵前杀戮也来不及阻止这些情况，孙承宗都是没有想到的，所以孙承宗坦陈自己臣遂无以应。
孙承宗虽然在跟王在晋的交锋中先折了一阵，然而，孙承宗毕竟是简在帝心的帝师、内阁成员，小小的挫折让孙承宗越挫越勇，很快他就想到了怎样扳回劣势；王在晋在孙承宗没来之前，安置难民、清点兵员、盔甲、器械，忙得团团转；现在孙承宗来了，王在晋也乐得轻松，可是没过几天，他的下属来找他反映，说孙承宗每天关在自己的府衙里，不知道忙什么。
王在晋一听就明白，原来之前他曾经跟孙承宗在兵部短暂供过事，后来自己也说道：“孙公一日入阁，一日于兵部大房决事，左右侍郎力趣之，终日不出堂。凡发一疏更削数次写本，人役甚苦之，部务如丛，日至壅积；予初总理三部及署部，晨入暮归无晷刻之暇，今得越旦进部，旷日悠闲，心热于边声之至急矣。”