疏入，益忤魏忠贤意。
八月，河南进玉玺。魏忠贤欲侈其事，命由大明门进，行受玺礼，百僚表贺。黄尊素上言：“昔宋哲宗得玺，蔡确等竞言祥瑞，改年元符，宋祚卒不竞；本朝弘治时，陕西献玉玺，止令取进，给赏五金。此祖宗故事，宜从。”事获中止。天启五年春，遣视陕西茶马。甫出都，逆党曹钦程劾其专击善类，助高攀龙、魏大中虐焰，遂削籍。
黄尊素謇谔敢言，尤有深识远虑。初入台，邹元标实援之，即进规曰：“都门非讲学地，徐文贞已丛议于前矣。”邹元标不能用。杨涟将击魏忠贤，魏大中以告，黄尊素曰：“除君侧者，必有内援。杨公有之乎？一不中，吾侪无噍类矣。”万燝死，黄尊素讽杨涟去，杨涟不从，卒及于祸。魏大中将劾魏广微，黄尊素曰：“魏广微，小人之包羞者也，攻之急，则挺而走险矣。。”魏大中不从，魏广微益合于魏忠贤，以兴大难。